补体替代途径的激活物质是细胞壁成分，如LPS、酵母多糖等。活化过程如下：①C3转化酶C3bBbP形成：在生理条件下，血中C3可被蛋白水解酶水解为少量C3b，血中B因子可与C3b结合形成C3bB。当有感染时，D因子转化为活性形式，将C3bB裂解为C3bBb和Ba，C3bBb和P因子结合为C3bBbP，C3bBbP是替代途径的C3转化酶；②C5的激活：C3bBbP裂解C3为C3a和C3b，而C3b又与B因子结合，扩大进一步的活化，构成一个正反馈的循环。C3b可与C3bBbP形成多分子复合物C3bnBbP，即C5转化酶，可使C5裂解为C5b和C5a，后继的C6-C9各成分活化过程与经典途径相同，最终形成的膜攻击复合体将细胞溶解。