（1）确定制种田和亲本繁殖田的面积比例制种基地选择要求：应选地势平坦，土壤肥沃，排灌方便，旱涝保收，病虫等危害轻且无检疫性病虫，便于隔离，交通方便，生产水平较高，技术条件较好，制种成本低，相对集中连片的地块。
（2）隔离区的设置
除小面积采用人工套袋、网室以外，应根据当地实际情况灵活采用以下方法：
A.空间隔离
要求在亲本繁殖和杂交制种区周围一定距离内，不种植非父本品种。有的作物如十字花科作物属间也应有一定的隔离。
B.时间隔离
通过调节播种期，使制种田或亲本繁殖田的花期与周围同类作物的生产田花期错开，从而达到隔离目的。
隔离时间的长短，主要由该作物花期长短决定。一般春播玉米播期错开40d以上，夏播玉米30d以上。水稻错开20～30d。
C.自然屏障隔离
利用山岭、村庄、房屋、成片树林等自然障碍物进行隔离。
D.高秆作物隔离
在制种区周围一定范围内种植玉米、高粱、麻类等高秆作物。
要求：第一，高秆作物应提前播种20d以上，以保证制种田花期到来时有足够的高度；第二，高秆作物隔离带应有一定宽度。