通用财务系统的基本功能结构是：
1、系统初始化：包括系统工作环境设置，账套设置，科目、凭证种类、初始余额录入，系统的人员管理，初始银行末达账，初始末核销往来账等设置。
2、凭证处理：通过严密的制单控制保证填制凭证的正确性。提供资金赤字控制、支票控制、预算控制、外币折算误差控制以及查看最新余额等功能，加强对发生业务的及时管理和控制。完成凭证的录入、审核、记账、查询、打印，以及出纳签字等。
3、账簿输出：包括查询和打印各种已记账凭证、总账、日记账、明细账及各种汇总表。
4、期末业务处理：主要完成期末结转工作。包括月末的“月结”及年末的“年结工作。
5、出纳管理：为出纳人员提供一个集成的办公环境，加强对现金及银行存款的管理。查询和打印现金日记账、银行日记账、资金日报表。进行支票登记和管理，进行银行对账并编制银行余额调节表。
6、往来管理、部门管理、项目管理等辅助核算项目的管理。
7、系统管理和维护：主要包括数据的备份和恢复、上机记录的查询和打印、重建索引、往来数据删除等。