由于RNAase的影响，为获得完整的基因RNA分子，必须在总RNA分离纯化的最初阶段，尽可能地灭活胞内RNAase的活性，因RNAase非常稳定，可降解标本中的RNA，许多组织和细胞中都含有活性很高的RNAase，因此在纯化RNA的过程中要保证无RNAase污染。选择性地使用针对RNAase的蛋白质变性剂、蛋白水解酶和能与蛋白质结合的阴离子去污剂，并联合使用RNAase的特异性抑制剂能极大地防止内源性RNAase对RNA的水解。提取RNA的方法有硫氰酸胍分离法等。