分子标记是以DNA多态性为基础，因而具有以下优点：
①表现稳定，多态性直接以DNA形式表现，无组织器官、发育时期特异性，不受环境条件、基因互作影响；
②数量多，理论上遍及整个基因组；
③多态性高，自然界存在许多等位变异，无需专门人为创造特殊遗传材料，这为大量重要性状基因紧密连锁的标记筛选创造了条件；
④对目标性状表达无不良影响，与不良性状无必然连锁；
⑤成本不是太高，一般实验室均可进行。对于特定探针或引物可引进或根据发表的特定序列自行合成。