党的十三大对党章主要作了九项修正。
一是要求党的各级代表大会的代表和委员会候选人名单采用差额选举或差额预选的办法产生；
二是党组织讨论和决定重要问题要进行表决；
三是增写了党的全国代表会议的职权；
四是调整了中央书记处的只能及其产生办法；
五是调整了党的中央军事委员会主席以及中央顾问委员会主任必须从中央政治局常务委员委员中产生的规定；
六是对企业和实行行政首长负责制的事业单位中党的基层组织以及尚未实行行政首长负责制的事业单位中党的基层委员会的只能，分别作了新规定；
七是调整了党的中央纪律检查委员会的第一书记必须从中央政治局常务委员会委员中产生的规定；
八是对哪些部门可以成立党组作了新的补充规定；
九是强调那些需要对下属单位实行高度集中统一领导的国家工作部门，是否建立党委以及党委的职权和工作任务，应由中央另行规定。