党的十六大对党章总纲的修正，主要是把“三个代表”重要思想同马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论一道确立为党的指导思想写入党章。对党的性质作了“两个先锋队”的阐述。对马克思列宁主义关于人类社会发展规律的表述作了新概括。明确了全面建设小康社会的奋斗目标。
对党的建设和党的领导提出了更高要求。在条文部分，对关于申请入党对象的规定作了适当修改，把其他社会阶层的先进分子纳入申请入党的对象；对党员必须履行的义务、党委内部议事和决策的基本制度、党的基层组织建设、党的各级领导干部必须具备的基本条件、党的纪律检查机关的主要任务、党组的地位和任务等内容作了补充和完善，对中国共产主义青年团的性质作了进一步表述，增写了党徽党旗一章。