1、传统的组织结构
（1）优点是机构层次少，权力集中，命令统一，决策和执行迅速，工作效率高。
（2）缺点是领导需要处理的事物太多，精力受牵制，不利于搞高企业的经营管理水平。这种结构适用于经营规模小、经营对象简单的小型物流企业。
2、功能集合型组织结构
（1）优点：这种组织结构适用于外部环境较为稳定，采用常规技术，重视内部经营效率，员工专业素质不高的中小规模企业。
（2）缺点：没有改变物流流程的分散性，物流业务分割的状态仍没有实质性的变化。
3、功能独立型组织结构
（1）优点：物流的经营职能更加明确，能够更好地适应企业物流经营比重的扩大和物流务量的扩张；
（2）缺点：职能管理和物流的现场作业不能完全统一，存在物流与生产、营销等企业行为的协调问题。
4、一体化的组织结构
5、物流子公司制的组织结构