典型的物流系统结构有顾问式、直线式、直线顾问式、矩阵式。
顾问式优点：物流部门决策风险小。
缺点：物流部门对具体物流活动无管理权和指挥权，会出现效率低下、资源浪费、职权不明。
直线式优点：物流活动效率高，职权明确。
缺点：物流经理的决策风险大。
直线顾问式优点：消除了物流在企业中的从属地位。
缺点：机构较复杂，易出现协调性问题。
矩阵式优点：可提高物流运作效率，形式灵活，可对物流进行一体化规划从而提高物流的整合效应。
缺点：双轨制管理会导致某些冲突。