两者的根本区别在于：
1）生物膜上的微生物勿需象活性污泥那样承受强烈的搅拌冲击，宜于生长增殖，生物膜固着在滤料或填料上，其生物固体平均停留时间（污泥龄）较长，因此在生物膜上能够生长世代时间较长、比增殖速度很小的微生物。在生物膜上还可能大量出现丝状菌，而且没有污泥膨胀之虞；
2）在生物膜上形成的食物链要长于活性污泥上的食物链，因此，在生物膜处理系统内产生的污泥量也少与活性污泥处理系统，一般说来，生物膜处理法产生的污泥量较活性污泥处理系统少1/4左右；
3）生物膜处理法对水质、水量变动有较强的适应性，污泥沉降性能好，宜于固液分离；
4）生物膜处理法能够处理低浓度的污水，活性污泥法处理系统，不宜于处理低浓度废水；
5）生物膜处理法易于维护运行、节能，与活性污泥处理系统相比较，生物膜处理法中的各种工艺都是比较易于维护的管理的，而且像生物滤池、生物转盘等工艺，都还是节能源的，动力费用较低。去除单位重量BOD的耗电量较少。
在活性污泥法和生物膜法的设计过程中，应选污泥负荷作为主要控制参数较为合理。