厌氧消化的主要影响因素包括以下几个方面。
（1）原料配比。大量报道和实验表明，厌氧消化的反应物碳氮比在（20～30）：1时较为适宜。一般将贫氮有机物（如作物秸秆等）和富氮有机物（如人畜粪尿、污泥等）进行合理配比，从而得到合适的碳氮比。
（2）温度。根据温度的不同，可把发酵过程分为中温发酵（30～36℃）和高温发酵（50～55℃）。一般厌氧消化常控制在这两个温度范围内，以获得尽可能高的降解速度。
（3）酸碱度。水解、发酵菌及产氢产乙酸菌对pH值的适应范围大致为5～6.5，而甲烷菌对pH值的适应范围为6.6～7.5之间。为提高系统对PH的缓冲能力，需要维持一定的碱度。通常情况下，碱度控制在在2000～5000mgCaCO3/L，可通过投加石灰或含氮物料的办法进行调节。
（4）Eh。一般来讲，厌氧微生物只能在Eh值100mV以下甚至负值时才能生长。产甲烷菌生长和产甲烷的适宜氧化还原电位（Eh）是-330mV以下。
（5）搅拌。搅拌是促进厌氧消化所不可缺少的，有效的搅拌可以增加物料与微生物接触的机会；使系统内的物料和温度均匀分布；防止局部出现酸积累；使生物反应生成的硫化氢、甲烷等对厌氧菌活动有阻害的气体迅速排出；使产生的浮渣被充分破碎。
（6）有毒物质。有毒物质能抑制发酵微生物的生命活力，发酵菌对有毒物质有一定的忍耐程度，超过允许浓度会使沼气发酵受阻。