一）是适用的法律、法规不同。劳动合同适用《劳动法》《劳动合同法》及人力资源部门颁布的有关劳动人事方面的规章。就业协议适用《合同法》和教育部的普通高校毕业生就业有关的政策。
二）是适用主体不同。劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系的协议，就业协议目前除毕业生与用人单位双方签字、盖章外，还有学校参与。在有些特殊的地区或特殊的情况，人力资源和社会保障部门也会要求参与。
三）是内容不同。劳动合同的内容依据《劳动合同法》的规定比较详细。就业协议的条款比较简单主要是毕业生如实向用人单位介绍自己的情况，愿意在规定期限内到用人单位报到用人单位如实向毕业生介绍单位情况，同意录用该毕业生等。
四）是适用的人员不同。劳动合同可以适用与各类人员，就业协议只适用与高校毕业生。
五）是签订时间不同。一般来说就业协议签订在前劳动合同订立在后。