所谓管辖权异议，是指当事人所提出的管辖权异议，即行政诉讼当事人，对已经受理案件的法院提出的异议，申明管辖有误。对这一问题有以下几点值得注意。首先，管辖权异议的主体，是行政诉讼案件的当事人，具体包括原告、被告和第三人。其他诉讼主体或诉讼外主体即使有不同意见，仍不构成法律上的管辖权异议的主体。其次，管辖权异议需当事人正式向受理案件的人民法院提起。一般应是书面的，而且向受理该案件的人民法院提起。再次，异议的内容是对受理法院的管辖权有不同意见，认为应当由其他法院管辖，或者虽对管辖权没有异议，但认为应当依法转移管辖权。最后，须在法定期间内提出，即法院受理案件以后，进行实体审理以前。
对上述管辖权异议法院的处理程序是：首先，应受理当事入提出的管辖权异议，进行审议，而不能置之不理，因为这种意义在程序上是一种法律行为。其次，这种审议应当在案件实体审理之前进行，即先解决管辖权问题，再进行案件实体的审理。再次，法院审议后，对于是否有管辖权应作出书面裁决，并送达各方当事人。当事人如对裁决不服，有权在收到裁决书之日起5日内向上一级人民法院提出上诉。最后，上诉法院应在法定期限内，对上诉进行审查，并作出最终裁定。当事人在收到该最终裁定后，必须按照上述裁定书中所确定的管辖法院参加诉讼。否则，即视为自动撤诉或不应诉。