首先，运输代理是交通运输系统的有机组成部分，发挥着重要的作用。
1、运输代理是运输系统的输入部分
对于承运部门而言，运输代理代表托运人办理运输业务，是运输需求的提出者，是运输服务的消费者，是客户。它向运输企业提供运输加工的对象，向其支付运费，并且提供有关运输市场的需求信息。
2、运输代理是运输系统的输出部分
对于托运人来讲，运输代理又是运输服务的提供者，在客户的眼中实际上是运输方；它代替货主办理货物运输事宜，向托运人收取各项费用，有些还对货物的运输负最终责任，因此是交通运输系统输出的组成部分。
3、运输代理是交通运输系统各个子系统的联络者
交通运输系统中的运输方式，包括铁路、公路、水路、航空和管道子系统。
其次，运输代理在交通运输系统中也起到了许多作用。
1、运输代理在交通运输系统中起到了优化系统资源配置的作用
推行运输代理制，可以更好地促进交通运输业内部的组织参与，各个专业运输部门可以改变面对千家的复杂局面，专一承接运输代理服务；可以集中有限的人力、物力，专门从事运输生产；通过代理对货物的预先整理、包装、拼装箱等服务，大大简化了运输企业的受理手续；同时由于代理的门到门服务功能，可以减少运输企业设立承运、交付办理点的数目。
2、运输代理能够强化交通运输系统的内部联系
3、运输代理还为运输系统提供信息动力
4、运输代理可以拓展运输系统的输入和输出
5、运输代理有助于促进先进技术的利用