内含信号序列又称内含信号肽（internal  signal  peptides），它不位于N-末端，但具信号序列的作用，故称为内含信号序列。它可作为蛋白质共翻译转移的信号被SRP识别，同时它也是起始转移信号，可插入蛋白质转运通道，并与通道中的受体结合，引导其后的肽序列转运。内含信号序列是不可切除的信号序列，这是与N-末端信号序列的一个重要区别。由于内含信号序列是不可切除的，又是疏水性的，所以它是膜蛋白的一部分，如果共翻译转运蛋白质中只有一个内含信号序列，那么合成的蛋白就是单次跨膜蛋白。