1.招标方案中工作的不妥之处及理由，具体分析如下:
（1）不妥之处:向提出问题的招标文件购买人发出招标文件的书面澄清文件。
理由:按照《招标投标法》第二十三条规定，招标人对已发出的招标文件进行必要的澄清或者修改的，应当在招标文件要求提交投标文件截止时间至少15日前，以书面形式通知所有购买招标文件的潜在投标人。
（2）不妥之处:组织开标会议，接受投标文件并开标。
理由:合理的程序是先接受投标文件，再组建评标委员会，然后组织开标会议。
（3）不妥之处:从招标人提供的专家名单中随机抽取评标专家。
理由:根据《招标投标法实施条例》第四十六条，依法必须进行招标的项目，其评标委员会的专家成员应当从评标专家库内相关专业的专家名单中以随机抽取方式确定。选择方式及程序是一般招标项目可以采取随机抽取方式，特殊招标项目可以由招标人直接确定。
（4）不妥之处:与中标候选人就中标价格进行谈判。
理由:确定中标人前后，招标人不得与投标人就投标价格、标的范围、质量、期限等实质性内容进行谈判变更。
【说明】《招标投标法实施条例》第二十六条规定，招标人在招标文件中要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过招标项目估算价的2%。该规定取消了《工程建设项目施工招标投标办法》第三十七条规定的最高上限80万元人民币。据此，该招标方案“要求招标文件购买人在购买招标文件时即提交投标保证金100万元”是妥当的。
2.（1）招标公司建议选用固定总价合同合理。
（2）理由:固定总价合同是指合同的工程数量、单价及合同总价固定不变，由承包人包干，除非发生合同内容、范围和工程设计变更及约定外的风险的合同。这种计价方式一般适用于工程规模较小、技术比较简单、工期较短，且核定合同价格时已经具备完整、详细的工程设计文件和必需的施工技术管理条件的工程建设项目。
3.（1）招标公司在招标方案中提出的将专业工程单独招标的建议合理。
（2）理由:专业承包资质的企业，可以承接施工总承包企业分包的专业工程和项目业主依法发包的专业工程。