1、原核基因组的结构特点：
①高效的遗传信息利用率：
A.既没有不必要的额外重复序列，也极少存在无功能的冗余序列；b.基因组98％以上的核苷酸序列都是编码基因；
B.基因排列紧凑，同一个操纵子不同基因之间的间隔距离一般不超过20bp，而且其中还存在着转录起始信号和终止信号；
C.存在着编码序列彼此重叠、编码不同蛋白质的重叠基因。
②双链DNA的编码功能；
③多基因聚集排列成操纵子结构形式；
④染色体基因组的拷贝数平均每细胞为1.1条，在富裕培养基中可高达3～4条。
2、真核基因组的结构特点：
①包装成特定的染色体结构；
②基因组的多倍性；
③具有大量的重复序列；
④高比例的非编码的DNA序列，以人为例，非编码序列占基因组总长的98%以上，而蛋白质编码基因的序列还不到基因组总长的2%。包括基因与基因之间的非编码的DNA序列，以及基因内部的非编码的DNA序列。
⑤庞大的基因数量；
⑥基因分布密度不均一。