(1)通常仅有一个DNA分子组成，多数呈环状，少数为线状；一般为双链，也有单链结构。
(2)基因组中只有一个复制起点，基因数目少，体积小。
(3)具有类核结构，类核存在于胞浆内，无核膜，其中央部分由RNA和支架蛋白组成，外围是双链闭环的DNA超螺旋扭结成许多花瓣状结构。类核中80%为DNA，其余为RNA和蛋白质。
(4)具有操纵子结构，所谓操作子即指数个功能上相关联的结构基因串联在一起，构成信息区，连同其上游的调控区以及下游的转录终止信号所构成的基因表达单位。
(5)结构基因通常为单拷贝，表现为没有内含子。
(6)无重叠基因现象。
(7)具有编码同工酶的基因，指一类结构上不完全相同，而表达产物功能相同的基因。
(8)编码区在基因组中的比例约为50%，远远大于真核生物基因组，但又远远小于病毒基因组。
(9)基因组中存在反向重复序列。
(10)基因组中存在可移动的DNA序列，包括插入序列和转座子，也包括质粒。