本案违反《行政诉讼法》规定的地方主要有以下几个方面：
第一，区人民法院作出不予受理的判决是不正确的。因为判决是人民法院对行政争议中的权利和义务作出的实体判决；而对行政案件是否予以受理属于程序问题，只能用裁定，不能用判决。
第二，区人民法院在接到起诉状后的第9天才作出不予受理的 判决 ，超越了法定的期限。因为《行政诉讼法》规定，人民法院接到起诉状，经审查，应当在7日内立案或者作出裁定不予受理。
第三，区人民法院告知甲到市中级人民法院起诉是不合法的。因为《行政诉讼法》规定，原告对裁定不予受理不服的，有权提起上诉。
第四，区人民法院认为此案属于涉外治安行政案件而应由市中级人民法院管辖也是错误的。因为依《行政诉讼法》级别管辖的规定，涉外案件并非一定要有中级人民法院管辖。
第五，市中级人民法院以区公安分局为被告审理此案也是不正确的。因为本案是经过复议的案件，且复议机关改变了原具体行政行为，因此根据《行政诉讼法》的规定，被告应是复议机关即市公安局。