牛顿三大定律和万有引力定律的提出，是人类认识史上对自然规律第一次理论性的概括和综合，牛顿力学体系的建立是近代科学形成的科学标志。A选项：哥白尼提出的太阳中心说，推翻了长期以来居于统治地位的地心说，实现了天文学的根本变革。B选项：能量守恒定律是19世纪自然科学的三大发现之一。C选项：生物进化论是人类历史上第二次重大科学突破，第一次是日心说取代地心说，否定了人类位于宇宙中心的自大情结；第二次就是进化论，把人类拉到了与普通生物同样的层面。所以选择D选项。