企业管理咨询课题应从企业管理系统的运行过程去寻找。企业系统正常运行，一般表现为以尽可能少的投入，取得尽可能大的的产出，获得理想的经济效益，实现企业健康的成长;反之，运行不正常，就不能取得较好的效益，企业就有可能处于患病状态。因此，企业管理咨询公司的职责，就是要下功夫去调查研究企业系统的运行机制和机能状况，帮助客户企业寻找系统运行中存在的问题，从中正确选择咨询的课题。
寻找企业咨询课题的主要方向有：
(1)从企业投入转换产出的结果中发现企业系统的症结，即从产出的人、财、物、信息中去寻找系统运行的病症;
(2)从要素流和各转换功能或机能活动中寻找系统运行的病症;
(3)从系统的整体管理和局部、专业管理中去寻找系统运行的病因;
(4)从系统运行规则或机制与其环境和内部特征的协调中去寻找系统运行的病根。