(1)甲公司发行公司债券的计划不合法。
①计划发行的公司债券的数额不符合规定。根据规定，发行公司债券额最多不得超过公司最近一期末净资产总额的40%。本题中公司债券余额应为4800万元(12000×40%)，2008年5月发行的3年期的公司债券1200万元未到期。因此甲公司此次发行公司债券额最多不得超过3600万元(4800-1200=3600)。
②公司债券面值不符合规定。根据规定，公司债券每张面值100元。本题中甲公司债券每张面值拟定50元不合法。
③分期发行的公司债券的数量不符合规定。根据规定，发行公司债券，首期发行数量应当不少于总发行数量的50%，甲公司第一期发行数量为1000万元，未达到发行数量的50%。
(2)甲公司董事会通过的变更总经理且暂时不予公告的决议不合法。首先，根据《公司法》的规定，股份有限公司董事会作出决议，必须经全体董事的过半数通过。在本题中，只有5名董事表决通过，低于董事会全体董事(11人)的半数。其次，根据《证券法》的规定，上市公司的董事、1/3以上监事或者经理发生变动，属于重大事件，上市公司应当立即将有关情况向国务院证券监督管理机构和证券交易所提交临时报告，并予公告。
(3)甲公司董事会通过的吸收合并丁公司的决议不合法。
首先，根据《公司法》的规定，公司合并应由股东大会作出决议。
其次，在董事会通过的决议中的4项要点均不合法：
①根据规定，公司合并的，应当自作出合并决议之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上公告;
②根据规定，公司合并的，应当自公告之日起45日后申请登记;
③根据规定，公司因合并而收购本公司股份后，应当在6个月内转让或者注销;
④根据规定，公司董事、监事、高级管理人员离职后半年内，不得转让其所持有的本公司股份。
(4)董事会审批的为乙公司提供担保的决议不合法。根据《公司法》的规定，上市公司董事会会议决议事项所涉及的企业有关联关系的，董事会会议应由过半数的无关联关系董事出席，董事会会议所作决议须经无关联关系董事过半数通过。本题中，涉及乙公司事项的无关联关系董事有8名(除董事
A.董事
B.董事C外)，出席本次董事会会议的无关联关系董事有4名，未达到过半数的要求，且只有3名无关联关系董事同意决议，所以该决议不能够通过。