“石油农业”大量地使用化肥、农药和机械，并片面依赖少数几种遗传背景简单的农业生物品种，企图以简单结构的工业化农业系统全面替代农业的生态经济过程。这一方面促进了农业生产力的发展；另一方面又造成食品、大气、水体等污染，破坏了土质，加大了农业生态成本，“石油农业”陷入不可持续的困境。
（1）过度依赖化石燃料；
（2）食品安全问题；
（3）大气污染；
（4）水质恶化；
（5）土壤退化；
（6）农区生物多样性减少，农业生态系统服务功能削减。