所有本尊都是佛，佛有三平等：即成佛资粮平等、法身平等和事业平等。
所以说本尊没有高低之分，只是对机不同。在《胜乐续》中的确有母续在末法时期加持力大的说法，一般来说，密法中无上密成佛快速；在无上密中，母续成佛速度快些。特别是瑜伽母，是密法中的精华。
坛城分三种，外坛、身坛和心坛，大威德只有“外坛”修法，密集和胜乐都有“身坛”修法，而“心坛”修法只有瑜伽母才有，所以被称为密法中的绝密。以前萨迦派，每次传法只有1～3人，格鲁一般也不超过7人，到拉卜楞寺拉科仁波切的时候，最多也就21人而已，再没有多的情况。
至于个人选择什么本尊，要看个人的缘分。如果有能力，同时修大威德和瑜伽母也可以，分开时间修，比如早上修大威德，晚上修瑜伽母，或者反过来也可以。