①流行性腮腺炎伴脑膜脑炎、多流行于冬春，常伴腮腺肿大，血清淀粉酶可增高，但柯萨奇病毒B3、埃可病毒9、16型也可引起腮腺肿大，则不易鉴别。②脊髓灰质炎病毒引起的脑膜脑炎，如伴有瘫痪较易诊断，因柯萨奇病毒和埃可病毒感染很少发生瘫痪，且多为轻症，大多不留后遗症。③乙型脑炎多集中发生在夏秋季节，起病急，多伴神智改变，周围血及脑脊液中白细胞增多明显，中性粒细胞百分率高为其特点。④流行性脑脊髓膜炎及其他化脓性脑膜炎，轻症或未经彻底治疗者尤需加以鉴别。起病急，脑膜刺激征明显，脑脊液检查一般以中性粒细胞为多，糖和氯化物降低，如能在脑脊液中找到致病菌即可确诊。血象白细胞总数及中性粒细胞均增多。⑤结核性脑膜炎起病缓慢，有其他结核病灶及结核接触史，脑脊液糖和氯化物降低，有薄膜形成，可找到结核杆菌，结核菌素皮肤试验阳性。⑥隐球菌脑膜炎多起病缓慢，病程反复迁延，易有后遗症。⑦婴儿脑型脚气病(维生素B1缺乏症)以及其他原因引起的脑病(如中毒性脑炎)均应注意勿与肠道病毒性脑炎相混淆。详细病史及仔细体查至为重要。
肠道病毒引起的无菌性脑膜炎虽不易与其他病毒所致者进行临床鉴别，但如发生在夏秋季节、有流行趋势、伴发皮疹、肌痛、口、咽部疱疹、心肌炎等肠道病毒常见症候群时，则颇有助于诊断。