临床医学科学学位研究生和临床医学专业学位研究生均属临床医学研究生，他们的培养目标和方法不尽相同，现分述如下。
（1）临床医学科学学位研究生：又称为"科研型研究生"或"实验型研究生"，要求研究生的培养侧重于医学理论与实验研究能力，以培养从事医学基础理论或临床应用基础理论研究的人员为目标。研究生在学习期间应完成一项实验性的课题研究并写出论文，毕业后一般应从事临床医学的基础理论研究。
（2）临床医学专业学位研究生：又称"临床型研究生"，要求研究生的培养侧重于临床医疗技能训练和研究，以培养高级临床医师、提高实际工作能力为目标。研究生在学习期间应主要进行临床技能培训并写出一篇临床医学论文综述和一篇病案分析，不要求完成实验性理论研究课题。临床医学专业学位研究生采用分阶段连续培养、中期考核筛选、择优进入第二阶段的培养方式。学习优秀者可进入第二阶段，作为临床医学博士生培养，学制5年，未转入第二阶段者则作为临床医学硕士生培养，学制3年。