安全风险
1食品毒性：导入基因并非原亲本动植物所有，有些甚至来自细菌、病毒和其他生物体。如BT转基因大米。
2潜在的过敏源问题：导入基因的来源及序列或其表达的蛋白质的氨基酸序列与已知的致敏原有无同源性，甚至是否会产生新的致敏原未知。
3抗生素的抗性：由于目前在基因工程中运用的载体大多数为抗生素抗性标记，他们进入食物链，是否会进入人和动物体内的微生物中，从而产生耐药的细菌或病毒，使其具有对某种抗生素的抗性，从而影响抗生素治疗的有效性。
4食物的营养品质可能改变或造成体内营养素紊乱，由于外源基因的来源、导入位点的不同、以及具有的随机性，极有可能产生基因缺失、错码等突变，使所表达的蛋白质产物的性状、数量及部位与期望值不符。
5食物链的破环、打破物种的动态平衡和对生物多样性的危害。
在目前我国的转基因食品风险评估，风险应急防范机制不完善以及对来自国外的转基因产品了解不够的情况下，在没有明确的实验证据说明某种转基因食品是安全的之前，不应当进行推广，特别是主粮。