现代化支付系统包括上下两个层次的系统：上层系统是商业银行面对广大银行客户，为客户提供高质量支付服务的金融服务系统。这层系统是商业银行与客户之间、客户与客户之间的资金往来清算和结算系统。下层系统则是中央银行为商业银行提供支付清算服务，完成商业银行之间支付、中央银行与商业银行之间支付活动的最终资金清算系统。中国人民银行目前正在集中建设为商业银行跨行支付的清算和结算服务系统，即现代化支付系统中的上层系统，该系统被命名为中国国家现代化支付系统（CNAPS）。
CNAPS的业务系统主要包括五个支付应用系统，即处理银行间大额资金转账的支付系统（简称HVPS）、处理银行间大量小额支付业务的电子批量支付系统（简称BEPS）、处理大量同城纸票支付业务的同城清算系统、银行卡授信系统和证券簿记系统。