外毒素主要是革兰阳性菌与少数革兰阴性菌产生并分泌于菌体外的蛋白，少数存在于细胞内，只有在菌体溶解后才释放至胞外。外毒素多数不耐热，但葡萄球菌肠毒素是例外，能耐100℃30min。外毒素抗原性强，可刺激机体产生抗毒素，经甲醛脱毒后成为类毒素。外毒素对机体的组织器官有选择作用，引起不同的特殊病变和临床症状。内毒素是革兰阴性菌细胞壁中的脂多糖，只有当菌体死亡破裂后才释放，耐热，抗原性弱，不能经甲醛脱毒成为类毒素。内毒素对人体组织无选择性毒性作用，各种细菌内毒素对人体引起基本相同的反应，如发热、休克、弥漫性血管内凝血、Shwartzman现象。