系统分析就是对一个系统内的基本问题，用系统观点进行思维推理，在确定和不确定的条件下探索可能采取的方案，通过分析对比，为达到预期目标选出最优方案；也可以说，系统分析就是为政策主体选择一个行动方向，通过对情况的全面分析，对备选方案择优，为政策主体提供可靠的依据。
为了实现公共决策的科学化，在进行决策之前，必须要有充分的系统分析活动，如应明确研究的目标和价值准则，提出众多的可行方案或替代方案，一般了解各个方案的可行性及其可能产生的结果，对存在的问题有应急的计划等等，以供决策时参考。这些作业内容都需要由系统分析工作来完成。因此，系统分析工作质量的好坏将直接影响到公共政策的质量和水平。