同DNA分子间发生的共价连接称基因重组。沙门菌为逃避宿主免疫监视，其鞭毛素蛋白的表达每经历1000代细胞即发生一次相变异（Phase variation）。沙门菌鞭毛素基因H1H2分别编码鞭毛素H1H2，H2启动序列同时启动H2及一种阻遏蛋白的表达。阻遏蛋白可阻H1的表达hin基因编码一种重组酶，催化H2启动序列与hin基因倒位，发生基因重组（genetic recombination）其结果是启动序列方向改变，H2及阻遏蛋白表达关闭，H1基因表达。