世界贸易组织并不是关贸总协定的简单扩大，相反它完全替代了后者，并具有完全不同的特征和更强有力的实施职能。二者的主要不同在于：
（1）两者的组织基础不同。关贸总协定作为一套规则、一个多边协议，没有自己的组织基础；而世界贸易组织是一个组织与法律健全的国际法人组织，拥有自己完备的秘书处。
（2）承诺的期限不同。关贸总协定是建立在《临时适用议定书》这一临时性基础之上的；而世界贸易组织是建立在《建立世界贸易组织的马拉喀什协定》这一基础上，是一个独立于联合国的永久性的国际贸易组织，因此其承诺是完整的、永久性的。
（3）规则范围不同。关贸总协定的规则范围局限在货物贸易方面，而且是不包括农产品、纺织品服装方面的部分货物贸易方面；而世界贸易组织的规则范围不仅涉及货物贸易，还涉及服务贸易、与贸易有关的知识产权和投资等内容，是一个完整的多边贸易体系。
（4）适用范围不同。关贸总协定中“诸边性”和“独立性”并存，即缔约方可以选择加入，对没有签署的不具有约束力；而组成世界贸易组织的协议除2个诸边协议外都是多边的，作为“一揽子”协议对所有成员方均有约束力。
（5）争端解决机制的不同。关贸总协定的争端解决程序属于调解，同时程序又没有明确的时间表，致使案件久拖不决，影响了国际纠纷解决的效率；世界贸易组织的争端解决程序是可磋商可裁决，并且具有明确具体的时间表，执行措施的有效性，使得其不易受到争端当事方的影响，争端解决裁决的实施更容易得到保证。