（1）政府部门对WTO规则的适用政府部门对WTO规则的适用就是对WTO相关条约义务的履行，政府部门为了履行条约义务，需要修改有关行政法规和政府规章、清理与WTO规则有冲突的政策和法规。我国为了履行加入世界贸易组织承诺，修改和废止了一批与WTO规则不符的法律、法规，同时，一批新的法律、法规相继出台。
（2）司法部门对WTO规则的适用鉴于WTO规则对于普通的自然人和法人并不具有直接适用性，所以，我国法院在审理自然人和法人因国际贸易而发生的商事纠纷时，并不能直接适用WTO规则中有关内容；但法院的判决并不能无视WTO规则的有关内容，不能违背WTO规则所确立的国民待遇、非歧视等基本原则。但法院在处理其他方面的案件时，并无排除引用WTO规则中的有关内容和原则处理案件。
（3）其他部门和机构对WTO规则的适用中国加入WTO的协定已经我国的最高权力机构—全国人大的批准，WTO的归责及其加入协定不再属于一般的“政府协定”的范围，所以，除了政府机构和司法机构之外，国家的其他部门，包括立法部门都有义务履行WTO相关条约下的义务和责任。所以，无论中央制定新的法律、行政法规、部门规章和其他政策措施，还是地方制定新的地方性法规、地方规章和其他政策措施，都要符合WTO规则和我国入世承诺。