会计制度与内部控制制度有着密切的关系，会计制度设计的各个环节都必须贯彻内部控制的精神，因为内部控制制度既是企业各种规章制度控制手段的总称，又是有效地执行会计制度的保护性措施。
内部控制范围极广，内容极其丰富，其中包括内部会计控制、内部管理控制。内部会计控制包括八个主要方法：不相容职务相互分离控制、授权批准控制、会计系统控制、预算控制、财产保全控制、风险控制、内部报告控制和电子信息技术控制。这些方法与会计制度设计紧密相关，也是企业进行会计制度设计必须把握的核心内容。