多细胞动物起源于单细胞动物的什么类群，曾有两种观点：
一是起源于多核单细胞动物（合胞体学说），认为多细胞动物来源于多核纤毛虫的原始类群。
二是起源于单细胞动物的群体，尤其是类似于团藻的球形群体（群体学说）。
此外还有共生学说等。群体学说为多数人所支持。群体学说又有赫克尔的原肠虫说和梅契尼柯夫的吞噬虫学说。原肠虫学说认为多细胞动物是由类似团藻的球形群体内陷形成，这样的祖先，因为和原肠胚很相似，有两胚层和原口，故称之为原肠虫。
吞噬虫学说则认为多细胞动物的祖先是由一层细胞构成的单细胞群体，个别细胞摄取食物后进入群体之内形成内胚层而发育形成二胚层的实心原始多细胞动物，称之为吞噬虫。后者似乎更有说服力，因低等多细胞动物的原肠形成多为内移而不是内陷，其取食也主要是靠吞噬作用和行细胞内消化。根据机能与结构统一的原则，应是先有消化机能，才逐渐发展出消化腔。
不可能先有一个现成的消化腔后才有进行消化的机能。群体学说认为由球形群体鞭毛虫发展成为多细胞动物也符合生物发生律。
此外，从具鞭毛的精子普遍存在于后生动物中，具鞭毛的体细胞在低等的后生动物间也常存在，特别是在海绵动物和腔肠动物，这也是支持鞭毛虫是后生动物的祖先的证据。梅契尼柯夫所说的吞噬虫，很象腔肠动物的浮浪幼虫，故被称之为浮浪幼虫状祖先，低等后生动物都是由这样的祖先发展而来的。