考查第二审程序与审判监督程序的联系与不同，A项错误，如果案件是二审审结的，对其进行再审就需要适用第二审程序，所以第二审程序与审判监督程序并非完全独立；启动再审程序的主体包括人民法院、检察院和当事人，但是二审程序的启动主体是与案件有直接利害关系的当事人，B项错误。C项正确，如果案件是一审审结，对其进行再审就需要适用第一审程序，而有可能由基层人民法院适用。根据《民事诉讼法》第172条和《民诉意见》第201条的规定，按审判监督程序决定再审或提审的案件，由再审或提审的人民法院在作出新的判决、裁定中确定是否撤销、改变或者维持原判决、裁定；达成调解协议的，调解书送达后，原判决、裁定即视为撤销。D项正确。