物流系统分析是指在一定时间、空间里，对其所从事的物流事务和过程作为一个整体来处理，以系统的观点、系统工程的理论和方法进行分析研究，以实现其空间和时间的经济效应。物流系统分析的特点如下：
（1）以整体为目标在一个系统中，处于各个层次的分系统都具有特定的功能及目标，彼此分工协作，才能实现系统整体的共同目标。只研究改善某些局部问题，而其他分系统被忽略或不够重视则系统整体效益将受到不利影响。所以，从事任何系统分析都必须以发挥系统总体的最大效益为准。
（2）以特定问题为对象系统分析有很强的针对性，其目的在于寻求解决特定问题的最佳策略。物流系统中的许多问题都含有不确定因素，而系统分析就是针对这种不确定的情况，研究解决问题的各种方案及其可能产生的结果。不同的系统所要分析解决的问题不同，即使对相同的系统所要解决的问题也要进行不同的分析，制定不同的求解方法。系统分析必须以能求得解决特定问题的最佳方案为重点。
（3）运用定量方法物流系统分析注重实践性，深入现场调查研究取得第一手数据至关重要。在许多复杂的情况下，需要有精确可靠的数字、资料，以作为科学判断的依据，需要利用数学模型和借助于结构模型解析法或计算机仿真模型进行分析。
（4）凭借价值判断从事系统分析时，必须对某些事物作某种程度的预测。由于所提供的资料有许多是不确定的变量，而客观环境又会发生各种变化，因此在进行系统分析时，还要凭借各种价值观念进行判断和选优。