同源重组：又称一般性重组，由两条同源区的DNA分子，通过配对、链断裂和再连接，而产生的片段间交换的过程。
Holiday模型：同源重组的分子模型。
Holiday中间体：同源重组中连接两个DNA双链的交换中间物，含有4股DNA链，在连接处为了转换配对所形成交叉链的连接点，这种结构称Holiday中间体
特异位点重组：是由整合酶催化在两个DNA序列的特异位点间发生的整合。但位点不一定是同源性的，不依赖于DNA序列的同源性，而依赖于能与某些酶特异结合的DNA序列