1、巴甫洛夫重视动物和人的行为同神经系统之间的关系，他通过条件反射的研究来探索大脑皮层和皮下的活动。而华生则仅仅注意腺体的生理学而完全忽视大脑皮层的生理学。
2、巴甫洛夫热内人的高级神经活动和动物的高级神经活动虽有联系，但彼此之间有着本质的差异，他认为人与动物都拥有第一信号，但是人还拥有动物所没有的第二信号——语词；而华生则混淆了人与动物的界限，抹杀了人类思维的特点。
3、巴甫洛夫不否认意识，虽然他不满意心理学的研究方法，但是他热内反映主观世界的心理学还是需要的；而华生则根本否认意识和主观世界的存在。