1.环境：选择的目的就是在较短的时间内得到人们所需要的基因型（genetype）。一般通过表现型（phenotype）来识别基因型，但很多遗传性状的遗传力不强，容易受环境的影响，所以个体的表现型并不能很好地代表基因型，仅仅从一代个体的表现型来进行选择是不够的；
2.控制性状的基因及其遗传力大小：控制性状的基因根据不同的依据可分为质量性状和数量性状、显性基因和隐性基因等；不同基因具有不同的性质和不同的遗传力，均会在不同程度对选择产生影响；
3.人为干预和科研体制：目前我国的科研项目的时间一般是3－5年，而育种需要长期的工作，仓促的时间极大限制了育种的长期性和有效性。如雌性牙鲆要2年才能成熟，选择3代至少需要6年时间（还不能保证性状的稳定和遗传）。