（1）中国海域使用权制度存在问题
从立法角度来看存在3个问题：
①《海域使用管理法》具有浓厚的行政管理色彩，公法性较强，私法性体现不足。《海域使用管理法》共有54条，其中2/3以上的条款都涉及行政管理方面的内容。
②《海域使用管理法》对海域使用人的权利规定不够完善。在全部条文中，只有23、27、30、和31条等少数几条涉及权利的规定，而义务规定条文达10条以上。
③在海域使用权的内容方面，物权性尚有不足，如对海域使用权人享有哪些物权性的权利规定不足，对海域使用权的转让、处分等权利有较多限制，而对海域使用权的物权请求权则根本未予规定。
从与其他法律之间关系的角度来看，海域使用权制度也存在3个问题。
①《海域使用管理法》与相关法律之间存在冲突。如在滩涂的管理上，《海域使用管理法》和《土地管理法》将滩涂纳入其调整范围，使争权现象经常发生。
②《海域使用管理法》与《渔业法》也有冲突之处，突出表现在养殖证与海域使用权证的重叠发放上。
③《海域使用权法》的配套法律规定不完善。许多涉海法规是由开发利用该资源的各部门制定，缺乏海洋环境整体协同性的考虑，致使现有法规不协调、不系统。
（2）中国海域使用权制度的发展方向
《海域使用管理法》是一部以行政管理为主导思想的立法，其目的是为了维护海域使用者的合法权益和保障海洋资源的合理利用，实现海洋经济的可持续发展。它对解决用海矛盾和冲突有积极的作用。但是，要合理开发使用海域，不同法律部门的配合是必要的。海域使用权作为一种民事权利，其最根本的属性是物权性，不仅要有行政法对其进行规范，还要有民事物权法对其进行规范与保护。参照相关的土地法律，整合相关法律制度，强化海域使用权的私权性，强化海域使用权的物权性。设立独立的等级制度，规范海域使用权流转。建立和完善我国的海域使用权法律制度，重点是形成以物权规范为基础、经济法律规范和行政法律规范为辅助和补充的海域使用权法律规范体系。