1）共显性遗传：每个HLA基因座表达一对抗原，人类HLA每个基因座上有众多等位基因。故如果血清学方法分型时，个体只检测出了一个抗原则有三种可能：该抗原的纯合子、HLA血清板不完全、存在一种至今尚未发现的抗原。
2）单倍型遗传：单倍体是指一条染色体上HLA各基因座的基因紧密连锁组成的基因遗传单位。
3）连锁不平衡：HLA在实际群体调查发现，各基因座的基因并非完全随机组成单倍型，有些单倍型观察频率高于期望频率或低于期望频率，这种现象称为连锁不平衡。处于连锁部平衡状态说明HLA不同基因座的基因之间存在关联，具有一同遗传的趋向。
4）HLA高多态性。