中小企业板总体设计可以概括为“两个不变”和“四个独立”。“两个不变”即现行法律法规不变、发行上市标准不变，指的是中小企业板运行所遵循的法律、法规和部门规章与主板市场相同，中小企业板上市公司要符合主板市场的发行上市条件和信息披露要求。“四个独立”即运行独立、监察独立、代码独立、指数独立。运行独立是指中小企业板的交易由独立于主板市场交易系统的第二交易系统承担，监察独立是指深交所建立独立的监察系统对中小企业板进行实时监控，该系统针对中小企业板的交易特点和风险特征设置独立的监控指标和报警阀值。代码独立是指将中小企业板股票作为一个整体，使用与主板市场不同的股票编码。指数独立是指中小企业板块将在上市股票达到一定数量后，发布该板块独立的指数，中小企业板已于2005年12月开始发布指数，代码为399101。
“两个不变”、“四个独立”符合中小企业板的发展需要，充分体现了审慎推进、统分结合、从严监管和统筹兼顾原则。设立中小企业板是落实分步推进创业板市场建设要求的具体安排，是基于现有市场条件的改革措施，重在摸索和积累经验。要把推进发展进程和市场可承受能力结合起来，及时化解风险隐患，保持市场稳定运行，因此要坚持审慎推进原则。中小企业板在主板市场的制度框架下运行，同时又是主板市场中相对独立的板块，要根据相关条件的成熟情况及其自身运行要求，积极推进制度和技术创新，因此要坚持统分结合原则。中小企业板将针对中小企业的风险特点，在发行核准机制、信息披露机制、市场监察机制和交易机制等方面做出适当调整，采取针对性的监管措施，维护正常市场秩序，因此要坚持从严监管原则。中小企业板的建立要与主板市场改革开放和稳定发展统筹考虑，积极落实《国务院关于推进资本*市场改革开放和稳定发展的若干意见》，促进主板市场和中小企业板的协调、稳定发展，因此要坚持统筹兼顾原则。