现行农业税制度存在的主要问题是：
1）税制不科学。
2）税率并不低。
3）税赋不公，城乡不平等。统一城乡税制，有助于对农业进行扶持和保护，提高我国农产品的国际竞争力。城乡统一税制是国际上通行的做法。在统一的税制下，农民的税收负担与其他社会成员一样，按其经济活动的属性，分别在相应的税种下缴纳所得税、增值税、地产税和遗产税等。农民作为纳税人，与其他社会成员享有相同的税种制度，只是在税率和减免等方面与其他纳税对象有所差别。所以在我国加入世界贸易组织后，我国就应该取消农业税税种，把农民的税收负担纳入统一的税制体系。