生物多样性包括物种基因和生态系统多样性，包括不同动植物、微生物以及他们拥有的基因，与生存环境所组成的生态系统。其中遗传多样性是指生物遗传信息的总和，不同的基因造就不同生物的性状；物种多样性是生命有机体的多样化，是生物多样性的集中体现；生态系统多样性是多样性的最高层次，与生物群落和生态过程多样化有关。
1）过度利用：人类从海洋中获取食物原材料而大量捕捞生物，造成过度利用，损害生物规模，引起物种遗传上的变化，改变生物之间关系，使许多动物面临绝种。
2）自然条件危害：填海造陆、海滩挖沙、油气开发等严重改变局部海洋自然环境，对生物多样性影响是多方面的，改变区域物质关系，改变生态系统过程，江河带来的颗粒物质影响海水透明度，影响光合作用。
3）来自海洋污染：主要为城市生活污水，工业废水等都对海洋生物造成威胁，进入海洋的有毒物质包括汞铅重金属、放射核素、石油等使得污染基因类型发展，影响生物遗产多样性，海水营养化改变海洋植物种类，各种废物进入海洋伤害海洋生物。
4）外来物种：生他入侵等人类活动有意无意引入某海域历史上未出现的物种，外来种有竞争性、捕食性，主要通过船舶压舱水排放引入，可能导致自然生物群落根本变化。
5）全球气候变化：臭氧层减少，紫外线辐射增加，损害DNA，海洋环流、降水改变，冰川融化，海面上涨，海岸生态系统后退，影响生物多样性，全球变暖，浮游生物生态类型分布改变，影响生态系统格局。