这是一场首先是德国开始的反对教会特权的运动。这次运动的代表人物马丁·路德所提出的宗教改革学说，其核心就是“信仰可以获救”。路德主张，只要自己信仰上帝，灵魂就可以获救，人人有权读圣经，人人可以通上帝，不需要有教会和教士的特权，也无需奢侈的宗教仪式。法国人加尔文又发展了新教，加尔文的新教提倡并拥护私有财产，认为发家致富是光荣的，强调人要实现上帝所赋予的使命。中世纪的欧洲，科学变成了神学的附庸，宗教改革运动对科学从神学中解放出来有积极作用。宗教改革者反对神父的权威，认为研究万物是对上帝的爱戴，这些都是有利于自然科学发展的。近代欧洲的著名科学家中新教建占很大的优势，就是很好的证明。但是宗教改革与自然科学的关系是很复杂的，新教尽管在某些方面允许科学活动的存在，但当科学发现与宗教教义相抵触的时候，新教徒照样把科学的殉道者送上了火刑场，甚至比旧教还残酷。自然科学为求得自己的生存和发展必然还要经历同神学的激烈搏斗。