陈独秀主编时期（1915年9月15日-1916年2月）
宗旨：改造青年之思想、辅导青年之修养为本志天职；批评时政，非其旨也。但也用蔑视的态度记录筹安会与袁世凯的活动。发表《敬告青年》《一九一六年》《吾人之最后觉醒》等。
高举民主、科学大旗，歌颂西方资产阶级自由、独立平等、人权等思想，但因为曲高和寡没有市场，终因销量太少而于1916年2月休刊。《敬告青年》。陈独秀在《新青年》创刊号上发表的，带有发刊词性质的纲领性政论，针对封建思想文化的束缚，提出六方面要求：
①自主的而非奴隶的；
②进步的而非保守的；
③进取的而非退隐的；
④世界的而非锁国的；
⑤实利的而非虚文的；
⑥科学的而非想象的。陈独秀提倡的科学内容包括了科学和民主。