《生物多样性公约》处理的议题包括一般性议题和特殊议题，
一般性议题包括：
生物多样性保护与可持续利用的措施和激励手段；
遗传资源的获取与惠益分享；
包括生物技术的相关技术的转让；
科技合作；
影响评估；
教育和公众意识提升；
融资；
履行公约义务的国家报告。
这些议题并非一成不变，由于公约采用的是发展和动态的管理方式，通过两年一度的缔约方大会，不断对上述议题进行完善或增删。特殊议题则是一些针对当时具体情况的议题，如应对气候变化、外来入侵物种防控等议题都属于特殊议题。