大小和卓虽被镇压，但其后裔和少数叛乱分子并不甘心失败。1820年，逃亡浩罕国的维吾尔族首领大和卓的孙子张格尔，在英国侵略者的直接支持下，潜入喀什噶尔，煽动维吾尔族上层发动了一次武装叛乱。道光六年（1826年），张格尔叛军占领了天山南路的喀什噶尔、英吉沙尔等城。英国侵略者也随之而入。清政府又派杨遇春等率领大军前去镇压。在各族人民特别是在维吾尔族人民的大力支持下，清军屡败叛军，并收集了喀什噶尔、英吉沙尔等失地。道光七年（1827年）十二月，清军俘获张格尔，叛乱被镇压下去，英国殖民者的侵略阴谋破产。