下述几点可能是目标管理最主要的不足：
（1）强调短期目标。大多数的目标管理中的目标通常是一些短期的目标：年度的、季度的、月度的等。短期目标比较具体易于分解，而长期目标比较抽象难以分解，另一方面短期目标易迅速见效，长期目标则不然。所以，在目标管理方式的这施中，组织似乎常常强调短期目标的实现而对长期目标不关心。这样一种概念若深入组织的各个方面、组织所有所员的脑海中和行为中，将对组织发展没有好处。
（2）目标设置困难。真正可用于考核的目标很难设定，尤其组织实际上是一处产出联合体，它的产出是一种联合的不易分解出谁的贡献大小的产出，即目标的实现是大家共同合作的成果，这种合作中很难确定你已做多少，他应做多少，因此可度量的目标确定也就十分困难。一个组织的目标有时只能定性地描述，尽管我们希望目标可度量，但实际上定量是困难的，例如组织后勤部门有效服务于组织成员，虽然可以采取一些量化指标来度量，但完成了这些指标，可以肯定地说未必达成了"有效服务于组织成员"这一目标。
（3）无法权变。目标管理执行过程中目标的改变是不可以的，因为这样做会导致组织的混乱。事实上目标一旦确定就不能轻易改变，也正是如此使得组织运作缺乏弹性，无法通过权变来适应变化多端的外部环境。中国有句俗话叫做"以不变应万变"许多人认为这僵化的观点，非权变的观点，实际上所谓不变的不是组织本身，而是客观规律，掌握了客观规律就能应万变，这实际上是真正的更高层次的权变同。